Hiện nay, chỉ 3 phân loài của Sơn dương núi Pakistan được công nhận bởi IUCN:[1]

Astor markhor

Phân loài Astor markhor (Capra falconeri falconeri) có sừng lớn, phẳng, phân nhánh ra rất rộng rãi, và đi lên gần như thẳng với chỉ một nửa vòng xoắn. Danh pháp đồng nghĩa là Capra falconeri cashmiriensis hoặc pir punjal markhor, có sừng nặng, phẳng, xoắn lại như cái mở nút chai.[5]

Trong phạm vi Afghanistan, phân loài Astor markhor được giới hạn về phía đông vùng rừng cao và miền núi gió mùa thuộc 2 tỉnh Laghman và Nuristan. Tại Ấn Độ, phân loài này được giới hạn tại một phần dãy núi Pir Panjal ở tây nam Jammu và Kashmir. Trong suốt phạm vi này, quần thể Astor markhor phân bố rải rác, bắt đầu từ phía đông đèo Banihal (50 km từ sông Chenab) trên đường cao tốc Jammu-Srinagar về hướng tây đến vùng biên giới tranh chấp với Pakistan. Các cuộc điều tra gần đây cho thấy phân loài vẫn còn sinh sống ở lưu vực sông Limber và sông Lachipora tại ranh giới rừng thung lũng Jhelum, và xung quanh Shupiyan đến phía nam Srinagar. Tại Pakistan, phân loài Astor markhor được giới hạn tại vùng sông Ấn và các nhánh sông, cũng như sông Kunar (Chitral) và các nhánh sông. Dọc theo sông Ấn, chúng sinh sống dọc 2 bên bờ từ Jalkot (quận Kohistan) ngược dòng lên gần làng Tungas (Baltistan), được giới hạn từ phía tây Gakuch lên đến sông Gilgit, Chalt lên sông Hunza, và thung lũng Parishing lên sông Astore. Chúng được cho là sống bên phải thung lũng Yasin (quận Gilgit), mặc dù điều này chưa được xác nhận. Sơn dương sừng xoắn markhor cũng được tìm thấy xung quanh thủ phủ Chitral và vùng biên giới giáp Afghanistan, nơi chúng sống ở một số thung lũng dọc sông Kunar (quận Chitral), từ Arandu bên bờ tây và thị trấn Drosh bên bờ phía đông, lên đến Shoghor dọc theo sông Lutkho, và xa hơn là Barenis dọc theo sông Mastuj. Số lượng lớn nhất hiện nay được tìm thấy tại công viên quốc gia Chitral ở Pakistan.[1]

Bukharan markhor

Mặc dù phân loài Bukharan markhor (Capra falconeri heptneri) trước đây sống tại hầu hết các ngọn núi trải dọc theo bờ bắc của vùng Thượng Amu Darya và sông Pyanj từ Turkmenistan đến Tajikistan, hai đến ba phần số lượng cá thể phân tán hiện nay trong sự phân bố giảm đáng kể. Phân loài được giới hạn đến khu vực giữa vùng hạ Pyanj và sông Vakhsh gần thành phố Kulyab tại Tajikistan (khoảng 70" đông và 37’40’ đến 38" bắc), và trong dãy Kugitangtau ở Uzbekistan và Turkmenistan (khoảng 66’40’ đông và 37’30’ bắc). Phân loài này có thể tồn tại ở bán đảo Darwaz của miền Bắc Afghanistan gần biên giới với Tajikistan. Trước năm 1979, hầu như không có gì được biết đến về phân loài này hoặc phân phối của chúng ở Afghanistan, và không có thông tin mới được tìm ra tại Afghanistan kể từ thời điểm đó.[1]

Kabul markhor

Phân loài Kabul markhor (Capra falconeri megaceros) có sừng với 1 vòng xoắn mảnh khảnh, giống như 1 vòng cuộn. Danh pháp đồng nghĩa là Capra falconeri jerdoni.[11]

Đến năm 1978, sơn dương Kabul markhor sống sót ở Afghanistan duy chỉ tại vùng Kabul Gorge và Kohe Safi thuộc Kapissa, trong một số khu vực bị cô lập ở giữa. Chúng hiện đang sống tại vùng không thể tiếp cận, hầu hết là những dãy núi rộng lớn tại Kapissa và tỉnh Kabul, sau khi bị loại ra khỏi môi trường sống nguyên thủy do săn bắn. Tại Pakistan, phạm vi hiện tại của phân loài chỉ bao gồm các khu vực biệt lập nhỏ ở Baluchistan, bang Khyber Pakhtunkhwa (KPK) và tại quận Dera Ghazi Khan (bang Punjab). Cục lâm nghiệp KPK nhận xét rằng vùng miền thuộc Mardan và Sheikh Buddin vẫn còn là nơi sinh sống của phân loài. Ít nhất 100 cá thể được cho sống bên sườn dãy núi Safēd Kōh thuộc Pakistan (quận Kurram và Khyber).[1]